AI 智能体驱动的蛋白质工程平台，集成 40+ 蛋白质语言模型与 11+ 生物数据库，支持突变设计、功能预测与模型微调全流程。
VenusFactory2 是由上海交通大学 Hong Liang 实验室开发的 AI 智能体驱动蛋白质工程平台。平台采用分层架构，从底层的 40+ 蛋白质语言模型、30+ 数据集与 11+ 生物数据库资源，到中层的训练/评估/预测/工具四大应用模块，再到顶层的 LangGraph + LangChain 多智能体编排层，最终通过 Web UI、REST API 和 CLI 三种接口形态面向用户。
核心能力包括：基于 ESM-2/ProSST/ProtSSN 的零样本突变效应预测（<1分钟）、30+ 微调模型驱动的蛋白质功能预测（<30秒）、支持 LoRA/QLoRA/DoRA/AdaLoRA/SES-Adapter/IA3/Freeze 共 7 种 PEFT 方法的自定义模型训练、覆盖 AlphaFold/UniProt/RCSB/KEGG 等的多源数据一站式下载，以及 AI 辅助文献检索。
Agent-0.1 模块当前处于 Beta 阶段，支持从自然语言指令自动规划并执行多步骤蛋白质工程流程（如"Design thermostable mutations for PDB:1ABC"→自动完成 PDB 下载→ESM-2 扫描→稳定性评分→排序报告）。平台提供 Gradio（v1）和 FastAPI+React（v2）两套 Web UI，支持本地与在线部署模式，同时提供完整 REST API 文档与 CLI 脚本。相关成果发表于 ACL 2025（v1）、arXiv 2026（v2 技术报告），子模型 VenusREM（ISMB/ECCB 2025）和 VenusX（ICLR 2026）均已集成。
待确认：许可证类型（仓库含 LICENSE 文件但未标注具体协议）、模型权重分发方式（未提供 HuggingFace 链接）、在线 Playground 功能完整度。