将 RStudio 与 Claude Code、Codex CLI、Gemini CLI 等 MCP 兼容 LLM Agent 双向连接的现代研究者工具包，支持交互式编码、多 Agent 编排、自动化学术稿件审计与数据标注。
ClaudeR 通过 R 包 + Python MCP 桥接服务器的双层架构，将 RStudio Desktop 会话完整暴露给 LLM Agent。R 端以 Shiny Add-in 形式运行于 RStudio Viewer 中，通过 httpuv 提供本地 HTTP 服务；Python 端实现 MCP 协议，通过 httpx 将 Agent 请求转发至 R 端。
核心能力涵盖五个维度：
代码执行与交互：同步/异步执行 R 代码并回传输出或 base64 编码图表、直接编辑活跃文档中的代码段、读取当前文档或磁盘文件（支持分页）、跨项目源文件正则搜索、在隔离后台会话中 source 脚本并报告创建的对象信息。
多 Agent 协调：列出并连接多个 RStudio 会话、按 Agent ID 查看执行历史、内置任务认领/进度跟踪/交叉验证协调协议。
Reviewer Zero 自动化学术审计：四遍协议（提取→验证→重算→引用校验），将稿件中统计/方法学声明提取到结构化注册表，重跑作者 R 代码验证 p 值、系数、置信区间等，通过 CrossRef API 验证 DOI 并返回元数据比对。支持 .docx、.pdf、.qmd、.Rmd、.tex 及纯文本格式。
数据标注：基于 _schema 列定义逐行交互标注 CSV；全隔离子进程逐行批量标注（支持 claude/codex），确保零上下文泄露防止锚定偏差。Schema 类型支持 choice、float、int、bool、text。
安全模型：阻止 system()、system2()、shell()、unlink()、file.remove() 等危险操作，默认开启 Agent 级日志审计，被阻止操作返回明确错误信息。
兼容 Claude Desktop、Claude Code CLI、OpenAI Codex CLI、Google Gemini CLI、Cursor 等全部 MCP 兼容客户端。通过 uvx clauder-mcp 可零配置启动 Python 桥接，R 包通过 devtools::install_github 安装，启动后以 claudeAddin() 在 RStudio 中激活服务。内置 reviewer_zero_prompt()、r_best_practices_prompt()、multi_agent_prompt()、data_annotation_prompt() 等预定义协议供 Agent 直接读取执行。
作者为 Nykko Vitali，当前版本 R 包 v0.2.0、Python MCP 服务器 v0.3.1，采用 MIT 许可证。